創立当時は旧制中学校としての校章で、現在とは別のものでした。戦後、学制改革に伴い、昭和23年に当時の美術教諭によって考案されました。創立者黒土四郎の家紋である「四ツ目」と横浜市の市章をモチーフにし、組み合わせてできました。そして、本校が横浜市の中央にあたる中区の横浜基督教青年会館(YMCA)の一部を仮校舎として開校したことにちなみ、中央に十字を入れてデザインされています。